多重靶向测序技术临床感染应用文献分享
一、tNGS应用于急性下呼吸道感染
题目：
发表杂志：2020 年 12 月《Annals of translational medicine》
影响因子：3.297
作者单位：河北医科大学第二医院检验科和呼吸与重症监护医学科
结论：在 295 名痰培养受试者中，147 名患者有明确感染的病原体和 148 名患者没有感染病原体。病原体组的绝大多数患者（105 例）均有单一病原体，27 例患者有 2 种复合病原体，15 例患者有 3 种革兰氏阴性菌。
本项研究还调查了在 11 种常见的病原菌中 ，其中痰培养阳性样本有 137 例，tNGS 阳性样本有 131 例，tNGS 总体覆盖率为 95.62%。绘制受试者工作特征（ROC）曲线显示，与传统的痰培养法相比，tNGS 病原菌的灵敏度更高，特异性也比较令人满意，至少 tNGS 可以作为传统痰培养的补充方法 [1]。
二、tNGS应用于分枝杆菌物种鉴定
题目：
发表杂志：2021 年 2 月《Journal of clinical microbiology》
影响因子：5.897
作者单位：上海同济大学医学院附属上海肺科医院呼吸内科
结论：用 10 株分枝杆菌来评价 GenSeizer 平台的特异性，同时把下呼吸道分离的 9 种非分枝杆菌作为阴性对照。结果显示：GenSeizer 平台可以特异性地鉴定分枝杆菌的种类，且不存在交叉反应。在检测特定分枝杆菌的序列数时，GenSeizer 组的序列数远高于对照组的。该平台特异性强，灵敏度高，分枝杆菌的检测限（LODs）为 5 个 DNA 拷贝数或 50 个 CFU/ml。
在盲比较中，GenSeizer 和多基因测序在鉴定 88 株临床分枝杆菌的能力上显示出 100% 的一致性。经 30 株脓肿分枝杆菌宏基因组测序（mNGS）确认的耐药基因型，GenSeizer 也能 100% 正确识别。这些结果表明 GenSeizer 是分枝杆菌感染的一种高效、可靠的检测平台[2]。
三、tNGS应用于血流感染
题目：
发表杂志：2018年1月《军事医学》
作者单位：军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室
结论：Ampliseq 法的灵敏度为 95.38% ，特异性为 95.45% ，Kappa 值为 0.839~1. 000，LOD 均可达到 10^1 数量级 CFU/ml。该法可在 15 h 内在同一反应体系内快速检测 4 种常见血流感染病原体，灵敏度和特异性均较好[3]。
美格医学tNGS简介：
美格医学基于超多重 PCR 和二代测序技术开发的 TEPseq（Targeted Enrichment Of Pathogens For Sequencing）多重靶向测序，简称 tNGS，除鉴别病原微生物的种类外，还能同时对特定物种的耐药基因及毒力因子基因进行分析，可以辅助临床医生制定精准诊疗方案。
参考文献：
[1]Chao LS, Li JH, Zhang YN, et al. Application of next generation sequencing-based rapid detection platform for microbiological diagnosis and drug resistance prediction in acute lower respiratory infection. Annals of translational medicine. 2020. 8(24):1644.
[2]Li B, Xu LY, Qi G, et al. GenSeizer: a Multiplex PCR-Based Targeted Gene Sequencing Platform for Rapid and Accurate Identification of Major Mycobacterium Species. Journal of clinical microbiology. 2021. 59(2): e00584-20.
[3]李倩, 刘鹏, 张彦等. 检测 4 种血流感染病原体的靶向序列富集与测序相结合技术方法评价. 军事医学. 2018. 42(1): 53-56.
