9 月 29 日，国家器审中心发布了一篇文章——《当前关于病原体宏基因组高通量测序产品的几点考虑》。文章对 mNGS 产品预期临床使用场景、检测样本及适应证、检测病原体种类范围、配套使用的数据库、测序数据要求、阳性判断值的研究、检测结果的报告、验证与确认的考虑等八方面进行了详细的描述和规范，刀刀见血，引发了业内人士的广泛关注。

    病原体宏基因组高通量测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技术是近几年新兴的、发展快速的一项检测技术，能够对样本中所有的核酸进行无偏倚测序，包括难以培养病原体和新发病原体的核酸，如新冠病毒、猴痘病毒的溯源和发现，mNGS 功不可没！

    而对于国家器审中心发布的这篇文章，不同人有不同的见解，但更多人对 mNGS 未来的发展还是持肯定态度！


一、mNGS寒冷期即将来临？

    要了解 mNGS 未来的发展情况，就要先了解国家器审中心是怎样的存在？

    国家器审中心，是唯一一家国家级医疗器械技术审评机构，是国家药品监督管理局（NMPA）的直属事业单位，主要负责申请注册的国产第三类医疗器械产品和进口医疗器械产品的受理和技术审评、参与拟订医疗器械注册管理相关法律法规和规范性文件等工作。

    医疗器械是指直接或者间接用于人体的仪器、设备、器具、体外诊断试剂及校准物、材料以及其他类似或者相关的物品，包括所需要的计算机软件。

    总的来说，器审中心，相当于“定规则、出卷子、判分数”的考官，而考生自然是各大 mNGS 厂家。要想产品上市，必须先通过我的考试的意思，以规范化 mNGS 行业。

    文章的标题“当前...考虑”，，，也有点意思，像是在做一道阅读理解题。

    “当前”什么意思？当下，现在，不是昨天，也不是未来；只代表当下器审中心的意见，这是一种历史、客观、发展的表述方式。

    “考虑”，不是意见征集稿，更不是指导原则，姿态放低，没有居高临下的态度，从而有了交流讨论的余地。

    而文章的内容，，，就像是在划考点，考官对考生的考点。你以后如果要申请注册 mNGS 相关医疗器械产品的话，就要注意这些。赤裸裸的考点！

    这次的文章，跟第一次器审中心发表的 mNGS 相关文章相比，有了很多新的思考。既是老师，也是学生，摸着石头过河。文章对 mNGS 的临床应用、设计开发、验证确认等八个方面都进行了阐述，关注焦点，事无巨细。


二、文章要点

1. 预期临床使用场景

（1）患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，在应用常规技术检测的基础上，开展 mNGS 产品检测。

（2）各种原因导致患者急危重症表现，不除外感染所致，或考虑继发或并发危及生命的严重感染，在常规检测的基础上，开展 mNGS 产品检测。

（3）免疫受损患者疑似继发感染，常规病原学检查未能明确致病原或/和规范性经验抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测的同时，或在其基础上，开展 mNGS 产品检测。

（4）疑似局部感染，病原学诊断未明确、不及时处理则后果严重时，在常规检测的基础上，开展 mNGS 产品检测。

（5）高度疑似感染性疾病，但病原学诊断未明确且常规抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测、处理原发感染灶，调整经验抗微生物治疗方案的同时开展 mNGS 检测。

（6）慢性感染，或慢性疾病不除外感染，尤其是二者临床表现相似、难以鉴别时，病情严重或抗感染治疗疗效不佳需要明确病因，建议在完善常规检测、调整经验治疗的同时开展 mNGS 产品检测。

（7）其他患者疑似特殊病原体感染或从相关流行病学角度考虑需要进行 mNGS 产品检测。

2. 检测病原体种类范围

    mNGS 从理论上讲能够无偏倚的检测各类微生物，包括病毒、细菌、真菌、寄生虫、支原体、衣原体等，但受产品配套使用的参考数据库及生信分析过程涵盖的病原体种类、样本类型、核酸提取方式、核酸靶标类型等几个方面的影响。

3. 配套使用的数据库

（1）公共数据库，如 NCBI nr/nt database、NCBI RefSeq database 等。

（2）自建数据库，对公开数据库中基因组序列进行挑选、整理、分类，然后通过程序软件将收集到的基因组序列整理成适用于本产品的微生物及人源序列比对数据库。

4. 测序数据要求

    一般而言，数据应达到以下指标：Q30 碱基数量占比 >80%、接头污染比例不超过 1%、有效序列长度不小于 50bp、数据的有效比对率应大于 70% 等。

5. 阳性判断值的研究

    阳性判断值的研究，主要是为了区分真阳性、真阴性，以及判断实验过程中污染的微生物等。一些胞内菌和厚壁微生物的检出率低，因此即使在检测报告中某种/某些胞内菌/厚壁菌检出序列数不高，也要考虑其为致病病原体的可能。

6. 检测结果的报告

    用于临床辅助诊断的 mNGS 报告应包括测序总序列数、检测病原微生物列表、检出病原特异序列数量、检测病原范围、覆盖度、测序深度、检测方法及检测技术说明。

7. 验证与确认的考虑

    基于 mNGS 技术的产品，因其预期用途涵盖的病原体的种类非常广，产品验证与临床试验应对检测范围内的病原体进行有充分覆盖度、有充分代表性的性能评价。



总结：

    mNGS 可以测万物，不会还真的有人以为，管一下就会香消玉殒吧？不管就可以野蛮生长？这种想法不敢苟同。并且，mNGS 的预期用途在于辅助诊断而不是作为确诊的依据。

    试问一下，临床中哪种技术是普遍适用的？

    以当前最热的 PCR 技术为例，PCR 具有操作简单、灵敏度高、价格便宜等优点，但只能检测已知的核酸序列、只能定性分析，而不适用于疑难的、新发的病原微生物。

    可见，“在特定的临床应用场景下，具有临床意义”这句话，可以适用于任何一项检测技术。一项好的检测技术应该优势互补，刚开始或许会被质疑，逐渐才被接受，但最终目的还是为患者服务，适合患者的才是最有意义的。


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图：mNGS 检测范围